На выходе с каждого пути станции ставите светофор. В маршруте в качестве новой точки пути указываете не станцию, а сигнал на нужном Вам пути. Всё, маршрут будет проложен через нужный путь. Собственно сигнал может играть ту же роль, что и точка пути.
Такой способ прокладки маршрута имеет ещё одно преимущество. Дело в том, что при расширении сети все существующие маршруты перестраиваются игрой. В итоге Ваши поезда могут оказаться не там, где Вы изначально планировали. При прокладке маршрута через сигнал, маршрут не меняется.
Путевые точки для разных видов транспорта располагаются в меню строительства соответствующего транспорта.